Viện NCNTTS II được thành lập theo QĐ số 219 HS/QĐ vào ngày 22/12/1976 của Bộ Hải sản với tên gọi là Phân Viện Hải sản I trên cơ sở tiếp quản Viện Khảo cứu Thuỷ sản Miền Nam Việt Nam sau ngày miền Nam hoàn toàn giải phóng. Năm 1979 Phân Viện Hải sản I được đổi tên thành Phân Viện Nghiên cứu Thuỷ sản I với chức năng và nhiệm vụ nghiên cứu phát triển nuôi trồng thuỷ sản ở Đồng Bằng Nam bộ.